La Escuela de Estudios Superiores de Jonacatepec se encuentra ubicada en la región Oriente del Estado del Morelos en el Municipio de Jonacatepec; cuando inicia el proceso de regionalización por parte de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM), con el nombre de, Sede Regional del Valle, ofertando dos programas educativos; Ingeniería en Desarrollo  Rural y la Licenciatura en Enfermería; posteriormente incorpora un programa educativo más, Licenciatura en Docencia, liquidando la Ingeniería, después de la primera generación. 

En el año 2014, la escuela cambia al nombre de Escuela de Estudios Superiores de Jonacatepec, donde posteriormente al año 2018 con dicho nombre se oferta un nuevo programa educativo; la Licenciatura en la Enseñanza del Inglés, por un estudio de factibilidad que se realizó en la región.

Para el año 2019 se inicia una reingeniería por temas económicos y de austeridad a nivel institucional y nacional, por lo que en un primer momento la Escuela de Estudios Superiores de Tepalcingo se convierte en Subsede Tepalcingo; en el año 2020 la Escuela de Estudios Superiores de Axochiapan en Subsede Axochiapan, y la EES Jonacatepec se convierte en la matriz, formando así una sola administración operativa para las tres escuelas, manteniendo desde ese año hasta la fecha seis Programas Educativos: Docencia y la Enseñanza del Inglés en la EES Jonacatepec, Psicología y Pedagogía en la Subsede Tepalcingo, así como Enfermería y Nutrición en la Subsede Axochiapan..

A través de la reingeniería entre el año 2019 y 2020 que se dio en la UAEM y con la integración de la Subsede Tepalcingo y Subsede Axochiapan a la EESJonacatepec, se establece una visión y misión multidisciplinar, rescatando principalmente las áreas generales de la educación y la salud, siendo estas en donde se encuentran inmersos los seis programas educativos ofertados, quedando de la siguiente manera:

MISIÓN

Formar profesionistas con altos estándares de calidad e innovación, excelencia académica, competencias teóricas–prácticas y habilidades sociales, en las áreas de la educación y la salud, a través de una formación integral, valores éticos y morales, comprometidos con el medio ambiente, la sociedad y las instituciones, capaces de atender con responsabilidad las demandas actuales desde el ámbito laboral.

VISIÓN

Ser reconocidos a nivel regional, nacional e internacional, como una Unidad Académica con calidad humanista e incluyente, que promueva el pensamiento crítico, analítico-reflexivo de estudiantes, personal docente y administrativo; contribuyendo a un entorno social y de salud al formar profesionistas que se vinculan con los sectores públicos y privados.

Asimismo, se rescatan y llevan a la práctica de toda la comunidad que conforma esta escuela los valores institucionales enmarcados en el PIDE: Solidaridad, Eticidad, Compromiso, Honestidad, Libertad, Justicia y Responsabilidad.